Fino al momento dell'imbottigliamento, Acqua di Nepi non entra mai a contatto con l’aria esterna; le opere di presa e adduzione dell’acqua, gli impianti di imbottigliamento, i locali degli stabilimenti e l’intero ciclo produttivo di Acqua di Nepi sono stati riconosciuti idonei a mantenere le proprietà igieniche dell'acqua, dalla fonte al prodotto finito.

Anche una volta imbottigliata, l’acqua viene sottoposta a controlli chimici e microbiologici quotidiani su campioni prelevati dalla linea produttiva. Oltre ai controlli interni, Acqua di Nepi è monitorata periodicamente dagli Enti pubblici preposti alla tutela della salute pubblica.